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Visual Styleを変更するとき、海外ものが多いので、日本語フォントが含まれないフォントが指定されていることが多いですが、ここで「なぜ日本語が含まれてないフォントを指定しているのに日本語が表示できるの？」と考えた事は、デスクトップをカスタマイズした人であれば、誰でもあるかもしれません。
そう言うことを書いている記事がありました。

Windows 2000/XPのFont Link機能(Font Linking)

要は英語だけのフォントを指定していても、このFont Link機能によって別のフォントを表示していると言うことになります。確認方法は「スタートボタン」→「ファイル名を指定して実行」で表示されるダイアログで、regeditと打ち込んでレジストリエディタを起動します。エクスプローラのようなインターフェースなのですぐ慣れると思います。

レジストリの場所は
マイコンピュータ\HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\FontLink\SystemLink

ここでレジストリエディタの左の部分で選択していくと右側の表示にずら～っとフォント名が表示されていると思います。自分の環境では液晶モニタを使っているので綺麗なフォントで且つClearTypeで可読性を向上させたいと言う希望がありました。
そう言うときに下記のサイトを見つけました。

Windowsでも綺麗なフォントを(1)
上記サイトは既に閉鎖になってるようで、下記サイトに詳しく書かれています。

Look at ... 2006年02月17日 システムフォントの変更

WindowsXPに最初から入ってる日本語のフォントは、自分は通常使うサイズだいたい普通10～12ptくらい使いますが、ClearTypeは効果が無いと言うのは知っていたので、ここに書かれている内容通りに指定して、（新しくVerdanaを追加したと思います。んでOS再起動）

フォントリンクの話しはここまでです。あとは、ClearTypeをチューニングするため、窓の杜に書かれている記事を見つけ、

米Microsoft、アクセサリーツール集“PowerToys”に「ClearType Tuner」を追加

このClearType Tunerをインストールすると、自分の目で見ながらチューニングができます。ClearType Tunerの起動方法はコントロールパネルの中にClearType Tuningが追加されているのでそれを起動することで指定ができます。メニューは英語ですが、選択していくだけなので簡単です。
今は、かなり見やすくなっています。

あと追加記事ですが、

ITmedia Newsより
IE 7ではテキストレンダリングが変更され、ClearTypeフォントが使われる。

またWindowsVistaではフォント周りは一新される模様です。
Windowsの次期バージョンWindows Vista(TM)において日本語フォント環境を一新